К сожалению, в запущенных случаях цитоспороз почти всегда приводит к гибели культур, поэтому лечение необходимо начинать на ранних стадиях.

При поражении цитоспорозом ствола дерева, возможны два варианта лечения:

1. Следует удалить поражённый участок коры, захватив 2–3 см здоровой коры вокруг него. После этого нужно обработать рану медным или железным купоросом. Затем больное место следует замазать глиной и обмотать мешковиной. Стружку, собранную после зачистки, необходимо сжечь.

2. Без зачистки: заражённое пятно обрабатывают раствором нафтенада меди, не снимая кору.

Если поражены отдельные ветви, их следует спилить на 15-20 см ниже края повреждённого участка и сжечь. Место спила обрабатывают садовым варом.

При наличии небольших локальных некрозов на дереве, их необходимо аккуратно вырезать острым ножом до древесины и продезинфицировать 1-2% раствором медного или железного купороса. Место среза также обработать садовым варом.

Для лечения цитоспороза также применяют химиотерапевтический метод, который заключается во введении в растение раствора микроэлементов. В стволе и скелетных ветках дерева просверливают отверстия глубиной до 3 см и диаметром 1,5 см, в которые вставляют фитиль. Вторую часть фитиля опускают в сосуд с раствором борной кислоты и 1% сернистого цинка, помещённым в резиновую или пластиковую трубку.

В качестве профилактики цитоспороза плодовые деревья обрабатывают медьсодержащими препаратами (Хом, медный купорос, бордоская смесь), системными фунгицидами (Топаз, Топсин-М, Фундазол) или биологическими средствами (бактофит, Фитоспорин). Деревья опрыскивают ранней весной по набухшим почкам, при температуре не ниже +15°С, а затем перед цветением и после цветения.

Ещё одной профилактической мерой против цитоспороза является побелка штамбов и скелетных ветвей специальными составами с добавлением фунгицидов поздней осенью или весной.

Кроме того, важно укреплять иммунитет растений, повышать их зимостойкость (например, путём внесения фосфорных и калийных удобрений в достаточных количествах) и предотвращать повреждения коры грызунами, морозами и садовыми инструментами.